Die Mitgliedsorganisationen sind kantonal, islamisch und multiethnisch organisiert sowie über die ganze Schweiz verteilt. Gegenwärtig sind über 200 islamische Zentren in den 12 Mitgliedsorganisationen der FIDS registriert.
DAIGS
Dachverband der Albanisch-Islamischen Gemeinschaften in der Schweiz
Feldstrasse 14
4663 Aarburg (AG)
DIGO
Dachverband islamischer Gemeinden der Ostschweiz und des Fürstentums Liechtenstein
Rosenstrasse 45
9500 Wil
TISS
Türkisch islamische Stiftung Schweiz
Schwamendingenstrasse102
8050 Zürich
IGB
Islamische Gemeinschaft der Bosniaken
Postfach 924
4800 Zofingen
LMS
Ligue des Musulmans de Suisse
Avenue de la Confrérie 11
1008 Prilly
SIG
Schweizerische Islamische Glaubensgemeinschaft
Bahnstrasse 80
8105 Regensdorf
UNOM
Union Neuchateloise des Organisations Musulmanes
Avenue Léopold-Robert 109
2300 La Chaux-de-Fonds
UOMG
Union des organisations musulmanes de Genève
Case postale 6346
1211 Genève
UAMF
Union des Associations Musulmanes de Fribourg
Route de la Glâne 9
1700 Fribourg
UVAM
Union Vaudoise des Associations Musulmans
Case Postale 345
1000 Lausanne 16
VAM
Verband Aargauer Muslime
Hinterofenstrasse 31
5322 Koblenz
VIOZ
Vereinigung der Islamischen Organisationen in Zürich
Pfingstweidstrasse 16
8005 Zürich
YSMN
Young Swiss Muslim Network
8000 Zürich